يمثّل المجلس التنفيذي الجهاز التنفيذي للأفروساي، ويضطلع بمهمة ضمان التنفيذ الفعلي للتوجهات التي تعتمدها الجمعية العامة. وبهذه الصفة، يضطلع بدور محوري في مجال المتابعة والتنسيق والتوجيه الاستراتيجي في الفترة الفاصلة بين دورتين عاديتين للجمعية. ويسهر على تنفيذ القرارات والتوصيات المعتمدة، ويتحقق من احترام النظام الأساسي، ويُقرّ البرامج السنوية للعمل الصادرة عن المديرية التنفيذية والأجهزة المتخصصة.
وعلى صعيد الحكامة، يتولى المجلس التنفيذي دراسة مشاريع النظام الأساسي والخطة الاستراتيجية قبل عرضها على الجمعية العامة، ويُشرف على تنفيذهما، كما يعتمد القواعد والإجراءات الداخلية اللازمة لحسن سير المنظمة. ويختص كذلك بتعيين المدير التنفيذي والمراجعين الخارجيين، والإذن بإبرام الشراكات، والتوصية بقبول أعضاء جدد.
وفيما يخص المحاسبة والتدقيق المالي، يتولى المجلس التنفيذي دراسة تقارير الأداء وضبط القوائم المالية وتحديد الاشتراكات السنوية للأعضاء. وتعكس تركيبته تمثيلا متوازنا للمكونات الإقليمية المختلفة، إذ يضم الرئيس ونواب الرئيس والأمين العام وممثلي المنظمات شبه الإقليمية.
وينعقد المجلس في دورة عادية واحدة على الأقل في السنة، وبإمكانه عقد دورات استثنائية أو افتراضية، ولا تكون مداولاته صحيحة إلا بحضور ثلثي أعضائه. وتُتخذ قراراته بالأغلبية البسيطة، ما لم تنص أحكام خاصة على اشتراط أغلبية مؤهَّلة.
