يعتبر مقر منظمة الأفروساي مقرا دائما، وتحدد الجمعية العامة موقعه، مما يؤكد الطابع المؤسسي والمستقر للمنظمة. ويلعب البلد المضيف دورا محوريا حيث يتولى رئيس هيئة الرقابة العليا للمالية العامة في ذلك البلد مهام الأمين العام.
وبهذه الصفة، يتولى الأمين العام الإشراف والرقابة الداخلية على أنشطة الإدارة التنفيذية، ويسهر على حسن سير عملها، كما يقدم تقارير دورية عن مهامه إلى كل من الجمعية العامة والمجلس التنفيذي. كما يمثل الأمين العام منظمة الأفروساي لدى المجلس التنفيذي ومؤتمر الإنتوساي، وذلك بالتعاون مع الإدارة التنفيذية ووفقا للنظام الأساسي لهذه المنظمة الدولية.
ويقع على عاتقه أيضا اقتراح تعيين المدير التنفيذي بعد فتح باب الترشح، وتسهيل الظروف الدبلوماسية والقانونية والمالية اللازمة لحسن سير عمل المقر لدى السلطات المحلية، وضمان توفير المقرات الملائمة وتحمل التكاليف المتعلقة بها. ومع ذلك، لا يجوز للبلد المضيف استضافة مقر منظمة إقليمية فرعية في آن واحد. وفي حال حدوث قوة قاهرة تجعل من المستحيل ممارسة الأمانة العامة لمهامها بشكل طبيعي، يمكن للمجلس التنفيذي تقرير نقل المقر مؤقتا، على أن يتم المصادقة على هذا القرار في دورة الجمعية العامة التالية.
